أصدر المجلس الرئاسي لحكومة الوفاق الوطني، القرار رقم (529) لسنة 2019م ، بشأن اعتماد الهيكل التنظيمي لجهاز الإسعاف الطائر ، حيث أقرت المادة الأولى من القرار على اعتماد الهيكل التنظيمي للجهاز، وفقًا للتنظيمات الرئيسية التالية:-
1- إدارة الشؤون الإدارية والمالية.
2- إدارة الموارد البشرية.
3- إدارة العمليات.
4- إدارة الهندسة والصيانة.
5- مكتب شؤون المدير العام.
6 - مكتب الشؤون القانونية.
7 - مكتب المراجعة الداخلية.
8 - مكتب الجودة.

ونص القرار، على اختصاص المدير العام، باختصاص التنظيم الداخلي للجهاز، وبما لا يخالف أحكام القرار والتشريعات النافذة.
كما نص القرار، على العمل به من تاريخ صدوره، وإلغاء كل حكم يخالفه، وعلى الجهات المختصة تنفيذه.6- الأرامل والأيتام ومن لا ولي له من ذوي الاحتياجات الخاصة كالأطفال والعجزة والمسنين والمعوقين ومحدودي الدخل، ومن لا دخل لهم .
7- أي فئة أخرى بقرار من مجلس الوزراء.

كما نص القرار، على شمول الأجانب المقيمين في ليبيا من المتعاقد معهم للعمل في القطاع العام، والعاملين في القطاع القطاع الخاص (الشركات وما في حكمها سواء، وطنية كانت أو أجنبية) ، بالإضافة إلى الأشخاص غير الليبيين المقيمين في ليبيا.

وحدد القرار، تبعية المجلس الأعلى للتأمين الصحي لمجلس الوزراء، ويضم في عضويته مندوبين عن كل من : وزارات الصحة، والاقتصاد والصناعة، المالية، التخطيط، الشؤون الاجتماعية، بالإضافة إلى المركز الوطني لتطوير النظام الصحي، وصندوق التأمين الصحي العام، وغرفة التجارة والصناعة، واتحاد المصحات الخاصة.